Вот только добрался до експерементов и оказалось что ms timer2 таки считается в мс а вот таймер импульса почему то в микро сек. т.е. чтоб поставить допустим импульс длит 1сек на нем нужно поставить 100000, я что то не так делаю???
void flash_led() //обработчик прерывания
{
digitalWrite(ledPin, HIGH);
delay(100000); //длительность импульса 1 сек
digitalWrite(ledPin, LOW) ;
}

void setup() {

// declare the ledPin as an OUTPUT:
pinMode(ledPin, OUTPUT);

MsTimer2::set(1000, flash_led); // будет срабатывать каждые 1 сек.
MsTimer2::start(); //включить таймер