Речь шла о работе моего приложения для обработки команд энкодера/джойстика при выходе из гибернации. Похоже, что косяк был скорее в железе, чем в софте. Программная часть решилась быстро с помощью OnPowerModeChanged (об этом писал выше). Но данные все равно не шли. В итоге дописал сигнал DTR при открытии порта и сбрасываю им мегу на старте. Теперь полет нормальный.