Ситуация такая другие проги не эмулятор открывает в своем окне например косынку а вот эмулятор не хочет думаю из за того что запуск эмулятора идет не через exe программы а через ярлык который имеет не понятное расширение
и содержит
Обьект:"C:\Program Files\Microsoft Device Emulator\1.0\DeviceEmulator.exe" /vmid {f8b9ddab-d444-476e-9686-abd8a9d776a8} /defaultsave PPC_RUS_GSM_VGA_VR.BIN /memsize 128 /skin ..\Pocket_PC_Phone_VGA\Pocket_PC_PE_VGA.xml

рабочая папка "C:\Program Files\Windows Mobile 6 SDK\PocketPC\Deviceemulation\0419\"
не каких exe файлов нет для запуска быть может из за этого

Под эмулятор существует плагин для CF
если не сложно можно подробней где скачать и тд.