При установке без отключения основного диска на одном диске может в меню загрузчика быть две строки а на втором вообще загрузчика не будет. Но это не страшно. Все исправляется.
Да и хитачевские дрова флешки под USB HDD вызывают сомнения...
Твой USB диск сейчас определяется как съемный. При установке этого драйвера будет локальным.