Я бы предпочел первый вариант
причин несколько:
1- всегда можно обновить прошивку без программатора и без определеных знаний.
2- можно использовать для других проектов или совместить несколько проектов в одном устройстве.
P.S.
IRKey на базе arduino скоро появятся в продаже .
Через 1-2 дня, нужно только ИК приемники купить и автомобильные пульты попробовать потестить