Над "скрыванием окна" как раз сейчас работаю.
А чтобы внешняя прога не запускалась, просто не делаешь ей скин, а запускаешь по кнопке (команда кнопки *.exe). Честно говоря, я об этом не думал и команду добавил на всякий случай.
А, вообще, я не замечал, чтобы запущенная и скрытая программа, которая ничего не делает, особо что-то тормозила.