Значит в программе что то нужно предусмотреть, хотя я даже незнаю что?
А ты как коннектишься к ардуинке?
Я так понял ты юзаешь какую-то dll для этого непонятную.
Я использую просто как COMM-порт - при просыпании (из sleep или hibernate) все продолжает работать - питание на AVR при этом подано постоянно.