Новая версия отслеживает число подключенных девайсов FTDI к компьютеру, если их число больше одного то открывает по дескриптору.
Так что вариантов два , отключить второго кардуино или прошить дескриптор.
В будущем можно будет прописать свой дескриптор в файле конфиг