Цирк - подучи подключенной к компу, арду реагирует на малейшее изменение USB-нагрузок: модем потерял коннект - перезагрузка арду, восстановил - перезагрузка, воткнул флешку - перезагрузка, выдернул - перезагрузка...

И чего? Она тупо перезагружается безо всяких обращений к ней - и дело тут не в скетче (он-то как раз свои функции отрабатывает каждый раз исправно: РД стартует после этих перезагрузок без режима самотестирования).

Конфликт между FTDI-устройствами? Кривые дрова?