В папке 10km были файлы, названия которых совпадают с обозначениями квадратов карт ГШ. Вот их я и убрал. Кстати, прикол в том, что сначала я просто собрал их в папку 10km, расположенную тут же в атласе. Так всё проиндексировалось, и количество карт осталось как было. Только совсем удалив эту папку, удалось сократить количество карт.