У меня (да и не только) была аналогичная ситуация. При наборе в поиске "Москва" на четвёртой букве появлялось окошко с надписью, что "Access denied" к такому-то файлу, причём раз от раза это были разные файлы. Видимо, есть проблема с загрузкой в какую-то память большого количества вариантов при поиске. Нет ли отличий в отведённой для эмулятора памяти (memsize) в ярлыке? Может, при 256 МБ работает, а при 128 - нет? Хотя у меня всегда было указано 256...
Я просто удалил из атласа все 10km файлы, и поиск стал нормально работать. По крайней мере, Москву находит.