Обычно в WinCE сохраняется скриптом mortscript, который считывает настройки с реестра, а потом их записывает заново при загрузке. При этом, для сохранения настроек, нужно выйти из Навитела, а потом уже закрыть эмулятор. В дальнейшем, для изменения настроек, повторять операцию...
ЗЫ Не знаю как в сборке, выложенной kovalexion (пока не качал), но в предыдущих для WinCE именно так...
А может стоило тут выложить? Может кому-то пригодится...