Обычно в WinCE сохраняется скриптом mortscript, который считывает настройки с реестра, а потом их записывает заново при загрузке. При этом, для сохранения настроек, нужно выйти из Навитела, а потом уже закрыть эмулятор. В дальнейшем, для изменения настроек, повторять операцию...
Видел такой скрипт! Это про настройки Навитела или WinCE???