Лучше просто удали:
C:\Program Files\Centrafuse\Centrafuse Auto\Plugins\MultiAppLoader
и
C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\Centrafuse\Centrafuse Auto\Имя пользователя\Plugins\MultiAppLoader (для XP)
C:\ProgramData\Centrafuse\Centrafuse Auto\Имя пользователя\Plugins\MultiAppLoader (для 7-ки)
А потом запиши папку плагина, в исходном виде, как скачал отсюда. Сразу последнюю версию.
В дистрибутиве сделаны начальные настройки (прописан notepad) в основной папке, в файле config.xml. Поэтому и видна сначала одна кнопка с блокнотом. Остальные кнопки появляются по мере добавления приложений. После запуска и внесения настроек, этот файл становится практически пустым и настройки переносятся в папку с профилем пользователя. Поэтому и предлагаю чистить все, так как обе папки подвержены изменениям.
У тебя это произошло, так как:
У меня так же было, когда накладывал новую версию поверх старой.