Для запуска программы не на полный экран в свойствах ярлыка пишем:
Код:
"C:\Program Files\Navigator10_FREE\PC_Navigator\PC_Navigator.exe" --window_border=no --window_position=100,100,640,480 and tweek 100,100,640,480

Кому нужны другие размеры правим последние цифры.
Результат.