Разобрался с библиотекой, все просто. В принципе можно написать любой протокол. Пока мне нужно только посылка команды. Только вот есть один баг в самой IRemote.
Функция void IRsend::mark(int time) включает светодиод на время time в мс. Но по факту если значение больше 7200, то сигнал прерывается, и получается вот такая картина.

Вот сами функции, думаю где-то тут собака зарыта. Сам пока с ардуино да и вообще с мк, 3ий день, поэтому в регистрах не шарю.
Код:
void IRsend::mark(int time) {
// Sends an IR mark for the specified number of microseconds.
// The mark output is modulated at the PWM frequency.
TCCR2A |= _BV(COM2B1); // Enable pin 3 PWM output
delayMicroseconds(time); }
void IRsend::enableIROut(int khz) {
// Enables IR output. The khz value controls the modulation frequency in kilohertz.
// The IR output will be on pin 3 (OC2B).
// This routine is designed for 36-40KHz; if you use it for other values, it's up to you
// to make sure it gives reasonable results. (Watch out for overflow / underflow / rounding.)
// TIMER2 is used in phase-correct PWM mode, with OCR2A controlling the frequency and OCR2B
// controlling the duty cycle.
// There is no prescaling, so the output frequency is 16MHz / (2 * OCR2A)
// To turn the output on and off, we leave the PWM running, but connect and disconnect the output pin.
// A few hours staring at the ATmega documentation and this will all make sense.
// See my Secrets of Arduino PWM at http://arcfn.com/2009/07/secrets-of-arduino-pwm.html for details.
// Disable the Timer2 Interrupt (which is used for receiving IR)
TIMSK2 &= ~_BV(TOIE2); //Timer2 Overflow Interrupt
pinMode(3, OUTPUT);
digitalWrite(3, LOW); // When not sending PWM, we want it low
// COM2A = 00: disconnect OC2A
// COM2B = 00: disconnect OC2B; to send signal set to 10: OC2B non-inverted
// WGM2 = 101: phase-correct PWM with OCRA as top
// CS2 = 000: no prescaling
TCCR2A = _BV(WGM20);
TCCR2B = _BV(WGM22) | _BV(CS20);
// The top value for the timer. The modulation frequency will be SYSCLOCK / 2 / OCR2A.
OCR2A = SYSCLOCK / 2 / khz / 1000;
OCR2B = OCR2A / 3; // 33% duty cycle
}