Бутлоадер - штука полезная при наличии связи конечного устройства с компьютером. Он позволяет менять прошивку не залезая внутрь устройства, а в ряде случаев - еще и не раскрывая прошивку (если протокол обмена шифрованный).

Ну а Brown-out Detector естественно должен быть включен в конечном устройстве. А уж если устройство использует встроенный в AVR eeprom, Brown-out Detector обязан быть включен.

Приведенные fuse биты на 168-й меге включают встроенную RC цепочку на частоту 1 мегагерц и отключают внешний кварц. В статье 8-я мега, там другие fuse биты.