Напиши скетч, который раз в секунду (две, три) поднимает все ноги и опускает. И проверь тестером какие живые, какие - нет.
На вход ноги как правило работают, а вот выход умирает довольно легко.
Умирать ноги могут так:
1. Не работает подтяжка вверх, вниз или и туда и туда.
2. Все время вывод притянут куда-либо.

Со вторым вроде можно попытаться бороться, путем выжигания соответствующего ключа конденсатором. Нога перестанет жестко притягиваться и ее можно будет использовать на вход.

Если есть подозрение, что на меге может оказаться нога на выход и на другой микрухе тоже, то лучше поставить резистор.

Я в связи с выгоранием грущу, что на пятой версии использован MLF корпус у меги. Фиг с тем, что он мелкий, его при большом желании можно запаять даже обычным паяльником с приличным жалом и флюсом. Но мег в таком корпусе нет в продаже. Совсем. TQFP спокойно можно купить (пусть 168-ю, 328 нужна редно) за 150-170 рублей и перепаять. А когда горит mlf (а я сжег одну кардуинку, видимо подав на выводы 12 вольт), от кардуины остается тупо плата с распаянным ft232rl :-(, которую можно использовать как usb-uart преобразователь и прошивальщик мег.