У микроконтроллера есть встроенный генератор который генерит тики, а логика контролера в силах посчитать эти тики, а программа на основании этих тиков может делать выводы о прошествии N-го количества времени.
короче долгая песня не заморачивайтесь.
вот тестовая прошивка, ничего не делает только щелкает релюхой каждую секунду, потестите у себя, каждую секунду щелкать будет или чаще, кстати чем вы прошиваете контролеры ?