Разобрался почему мышь не работала.
Я поленился дрова переделывать и использовал готовый компонент для своей матери. А он оказался от Windows Embedded Standard 2009. Пришлось все вручную делать.

Ты какие компоненты из стандартных использовал?
У меня:
Add Hardware Control Panel
Registry Editor
Windows Media Player (Light)
Kernel Audio Support
System Control Panel
Device Manager
Windows Picture and Fax Viewer
IME Prototype
International Control Panel
Kiosk/Gaming Console
Power Management Application
Advanced configuration and Power Interface

Остальное (кодаки, RR и т.д.) пока в компоненты не переделал и ставил на развернутый образ. EWF и HORM тоже по старинке вручную потому что MinLogon в образ не получалось включить.