Победил дерганье на BU-353, может кому полезно будет.

1. Добавил в sys_pc.txt строки

[gps]
set_messages=0

2. Сделал полный сброс GPS приемника в исходное заводское состояние (factory default).

Собственно это способ от KonTur (см. пост 498), только вместо вырубания приемника на неделю делаем сброс приемника.
Сброс приемника можно сделать, например, с помощью программы SiRFDemo.

Теперь все работает просто идеально, причем на скорости 4800 тоже. До этого пробовал изменение скорости на 38400, не помогло. Точнее стало лучше, но не радикально.

Думаю дело в том, что эта версия IGO пытается как-то настроить GPS приемник и делает это так неудачно, что потом сама с ним работать не может. Причем настройки влияют только на чипсет SiRF, MediaTek их игнорирует. Параметр set_messages=0 запрещает IGO посылать любые команды на GPS (см. описание sys_pc.txt), разрешает только читать данные. Приемник вероятно запоминает настройки от IGO и если хоть раз запускали IGO без set_messages=0, то чтобы все заработало нужно приемник сбросить.