Я еще немного поэкспериментировал. Оказалось, что необязательно делать полный сброс приемника. Достаточно с помощью программы SiRFDemo переключить приемник на протокол SiRF и затем обратно в NMEA (т.е. Action->Initialize Data Source вычеркиваем). После этого дерганья нет.

Это кстати объясняет, почему многим помогло переключение скорости на 38400. Наверно set_messages=0 многие себе прописали (эта идея на форуме появилась раньше), а потом когда переключали скорость вредные настройки сбросились и все заработало.