Ну первое, что приходит на ум, это то что в принципе так и должно по идее работать. Разрешение верхнего моника у тебя наверное 800х480 и контейнер с игой ( ну или другим внешнем приложении) тоже 800х480. Но туда еще и полоса от самой СЦ верхняя поместиться дожна. Вот у тебя контейнер с внешним приложение вниз и уползает. Поэтому или разрешение верхнего монитора должно быть 800х600 ( тогда у тебя контейнер иги впишеться корректно ) или используй аплоадер, что бы вписать его тудой. Как то так.
p.s. Можно конечно еще и тупой вариант предложить. В конфигурации мониторов в винде расположи мониторы горизонтально. Тогда по идее контейнер с игой нижнему монитору мешать не будет. НО ЭТО ИМХО ЭТО ПОЛНОЕ ...