Штатно мега (как и другая avr'ка) шьется через выводы SPI и ногу Reset. И первоначально именно так ее и прошивают.

ft232rl поддерживает режим bitbang, при котором эта микруха шевелит ногами как ей скажут. Эти ноги подключаются к ногам меги MISO, MOSI,SCK, Reset, как это описано в http://freeduino.ru/arduino/isp.html и шьют прошивку. Ничто не мешает разместить на плате разъем X3 и два разъема ISP (по одной на каждую мегу). И шить так, как написано в ссылке выше.

Шит, я тут подумал, с бутлоадером не все так просто будет :-(. Мега же должна откликаться и сообщать компу о результате прошивки. И тут две меги подерутся за возможность что-нибудь сообщить компу. Как красиво решить эту проблему я не знаю. :-(.

Да, двухсторонную или перемычками.

По поводу шлейфов, большая ширина неудобна, закрывает вент. отверстия на телеке. Может лучше действительно развести 4 более узких шлейфа, чем два широких. Пустить шлейфы парами, один поверх другого. Сначала на одном идут разъемы, потом он заканчивается и разъемы на втором. Выглядеть будет лучше.