Вообще тут стоит просто попробовать на живой Ардуино. Частота-то однозначно одинаковая может только быть, а вот про ширину импульса... в принципе она тем же таймером и задаётся, вроде как... Лучше попробовать: на один вывод шим1, на второй вывод поизменять шим2 и посмотреть, хотя бы на светодиодах как будет яркость на них.