Тут видел вариант http://arduino.cc/playground/Code/ReadReceiver , но тогда придется доставать РРМ из приемника, да и разбираться с кодом мне трудновато. Зато тогда можно одним входом и одним таймером обойтись.
Может тут есть вариант?
http://arduino.cc/playground/Main/PinChangeInt