Ну я бы стал проверять так:
1. Сделал так, чтобы все светодиоды горели -
после блоков

if(*CBright>PWM_Counter_v) byte_shift|= 1;
CBright++;
byte_shift = byte_shift<<1;

прописать
SPDR=255;
вместо
SPDR = byte_shift;

Затем взять вольтметр и посмотреть что творится на выводах 595-х. Что-то мне подсказывает, что у тебя проблема скорее в разводке (которую, возможно, получится программно исправить).
У тебя не работает по светодиоду в 3-5-7-10-12-14 зонах.
Если считать, что не работает каждый 7-й вывод, то так и будет.