Лучше не включать/выключать кондиционер, а регулировать температуру подмешиванием теплого воздуха. Потому что во-первых, постоянное включение/выключение вредно для компрессора и ремня, а во-вторых, влага, скопившаяся на радиаторе во время работы кондея будет возвращаться в салон после выключения его. А это даст неприятные запахи.
Кроме того было бы неплохо управлять интенсивностью работы дуйки. Если разность заданной и реальной температур велика - дуть сильно. Если меньше - слабее. Если невелика - то на минимальной скорости.