Может не обязательно тебе кулёк резать, может попробовать вырезать под него окно поболее, как у меня в верхней крышке, хотя там экономия высоты не велика - следующее препятствие по высоте - радиатор чипсета, а на него лучше не давить крышками.
Да, по поводу шумности - попробуй поставить регулятор оборотов в разрыв, он стоит копейки, а пользы море. Я выставил комфортные обороты кулера и погонял комп с нагрузкой - проц по температуре нагрелся на 1-2 градуса больше, чем при максимальном вращении. Процу от этого не шибко жарко, а ухо радует! Да, регулятор вроде Thermaltake и по цене в районе 130-150р.