Да подключать по разному можно, главное правильно управлять!
Согласно твоей логике ни один DC-DC с N-канальными MOSFETами в кач-ве силовый ключей не должен существовать. Посмотри схему включения iru3037, n-канальный мосфет Стоком к плюсу подключен истоком к нагрузке. Вобщем тут не важно как подключать, схемы включения разные бывают, главное обеспечить управляющее напряжение на затворе относительно истока( в нашем случае ).

У alex_new_2030 также как все сделано.

Кстати у e-10000 P-канальный коммутирует +5V?