Так как для чтения 6 и более каналов приемника, требуется не реальное количество прерываний. Забравшись в плату приемника я легко нашел еще не декодированный сигнал PPM и теперь можно этот сигнал, одним проводом подать на один вход контроллера ардуины и задействовать только одно прерывание.
Есть много примеров декодеров, но практически все используют PulseIn(), а я заметил большую погрешность этой функции. Может кто занимался в этом направлении или подскажет где подсмотреть механизм декодирования с относительно высокой достоверностью.
p.s. Вот нашел библиотеку, может ее использовать и не морочить голову?