Я думаю что с SoftPWM , будет тормозить
тебе нужно привести твои порты к такому виду
#define D2_High PORTE |=B00010000 //red line-1 on
#define D2_LOW PORTE &= B11101111 //red line-1 off
#define D3_High PORTE |=B00100000 //green line-1 on
#define D3_LOW PORTE &= B11011111 //green line-1 off
#define D4_High PORTG |=B00100000 //blue line-1 on
#define D4_LOW PORTG &= B11011111 //blue line-1 off