То есть мне надо просто убрать подтягивающий резистор на +пит
Да

а вот что делать с общим проводом? если его подключить то получиться земляная петля, а если не подключать то в принципе ведь должно работать?
Должно работать если питание компа подключено аккумулятору и без гальванической развязки

если я преобрету JoyStick здесь, то мне тоже как бы надо будет его модернизировать получается?
Да