Как сохранять промежуточные данные

[ashu]

Как выход - либо шить девайс не через usb, а через доп.программатор (тогда бутлоадер не будет ждать 2 секунды после подключения компа)

Этим способом можно только исключить 1.5..2 сек ожидания при открытии порта, но данные всё равно не сохранить, поскольку такова аппаратная реализация - при открытии порта сигнал управления потоком DTR посылает reset на чип:

Rather then requiring a physical press of the reset button before an upload, the Arduino Nano is designed in a way that allows it to be reset by software running on a connected computer. One of the hardware flow control lines (DTR) of the FT232RL is connected to the reset line of the ATmega168 or ATmega328 via a 100 nanofarad capacitor. When this line is asserted (taken low), the reset line drops long enough to reset the chip. The Arduino software uses this capability to allow you to upload code by simply pressing the upload button in the Arduino environment. This means that the bootloader can have a shorter timeout, as the lowering of DTR can be well-coordinated with the start of the upload.