Энкодер на резисторы вешать несколько некорректно - энкодер может давать такую частоту, что она будет "сьедаться" ацп - суть есть конденсатором + обработчиком напряжения на этом конденсаторе.
Если есть возможность, то надо делать на цифровых входах.

В схеме еще хорошо бы повесить сопротивления с сигналов энкодера на питание, для пущей надежности.