ардуину (саму плату) можно с удобством использовать как отладочную плату, особенно в сочетании с макетной платой с пружинными контактами.

Как запустить проект arduino среды в avr studio, я писал тут:
http://www.compcar.ru/forum/showthread.php?t=5910

Как зашить полученную прогу в arduino:
У меня среда arduino шьет следующей строкой:

E:\arduino-0021\hardware\tools\avr\bin\avrdude -CE:\arduino-0021\hardware/tools/avr/etc/avrdude.conf -q -q -patmega168 -cstk500v1 -P\\.\COM8 -b19200 -D -Uflash:w:c:\Temp\build4629811770678680876.tmp\sket ch_dec17a.cpp.hex:i

Поменяться в этой строке кроме путей могут:
-patmega168 это тип контроллера. В моем случае atmega168
-P\\.\COM8 - номер ком порта

Сам проверить не могу, поскольку сразу по получении заменил родной бутлоадер на другой, а перешивать туда-сюда его лень.

В avr studio тебе ничто не мешает по началу писать используя библиотеки arduino. Потом, я бы порекомендовал обратить внимание на библиотеку доступа к ногам контроллера. Супер библиотека. И ею можно пользоваться даже не понимая как она устроена.
тут описание http://easyelectronics.ru/rabota-s-p....html#more-339 . Можешь особо не разбираясь и не читая (если сложно) сразу в конце статьи скачать библиотеку. Там есть пара примеров к ней, сразу поймешь как пользоваться.

Единственное, в этой библиотеке оперируют не номерами контактов arduino платы, а стандартными портами avr контроллеров.

Соответствие можно посмотреть в файле
E:\arduino-0017\hardware\cores\arduino\pins_arduino.c

Если у тебя 1280 или 2560

// 0-7 PE0-PE7 works
// 8-13 PB0-PB5 works
// 14-21 PA0-PA7 works
// 22-29 PH0-PH7 works
// 30-35 PG5-PG0 works
// 36-43 PC7-PC0 works
// 44-51 PJ7-PJ0 works
// 52-59 PL7-PL0 works
// 60-67 PD7-PD0 works
// A0-A7 PF0-PF7
// A8-A15 PK0-PK7