А че ATMEGA 328 с помощью avrdude не прошить? Кстати в IDE arduino есть функция в закладках Tools типа BrunBootloader. Я так понемаю достаточно воткнуть чистую атмегу в Arduino, соеденить разем х3 с пинами Atmega, выбрать в Tools->Board нужный борт, в данном случае Duemilanove or Nano /w Atmega 328 и остается только хлопать в ладоши? или я не правильно понял?