Ну, как я могу предположить.....
Как я понял, пока скетча нету - ардуино гоняет лоадер по кругу (поэтому раз в 2 секунды горит L1), когда есть скетч - она работает с ним. Залил скетч, который в сериал порт постоянно данные шлет - все ок, все работает.... Но при попытке загрузить 2ой скетч - провал.. не инициализируется.
Соответственно, лоадер либо мертвый лежит, либо он не вызывается....
А так же, после загрузки первого скетча светодиод L1 перестает гореть даже при старте платы, резете и т.д.