Спасибо.
Решил проблему.
Я использую M2-ITX и PowerControl. Не знаю почему, но установка задержки на принудительное отключение питания после пропадания АСС в PowerControl стояла 30 сек., изменил на 60 сек и система стала корректно закрываться.
До этого при подключении все и так работало. Но после того, как подключил управление PowerControl через USB на МВ, он не сразу определился, возможно тогда и произошел сброс таймингов.
Одним словом сейчас все работает.