В общем самый простой и полезный выход из ситуации - удалить из атласа "лишние" карты. Я для себя оставил Краснодарский край и пару ближаших регионов, ну и часть обзорки для них же, чтоб роутинг пахал. в итоге пока без вылетов...
Таким образом 3.2.6.3594 под wince вполне работоспособна!
Только не забывайте в 1km оставлять файлы с роутингом rus1_1.nm2 и т.п.