Я пробовал два варианта (это я описывал уже): Windows Mobile 6 и Windows CE 5 (сборка от Charlie). Так вот, файлы с ключами у них одинаковые! И оба работают, только создание атласа можно делать лишь на сборке. А отличаются у них файлы самой программы (чуток, байт 40 примерно).
Можно лишь предполагать, что при работе в эмуляторе процессору приходится обрабатывать значительно бОльшее количество информации, чем при работе на "родной" платформе. Возможно, из-за этого и тормоза, и вылеты. Но ведь альтернативы у нас нет...