А моник пробовал подключать к выходу +12В с БП? Обычно это помогает, хотя небольшие помехи, еле-еле видимые на определенных цветах, могут присутствовать, но это не страшно.
Бывет на некоторых мамках так, что встроенное видео не может по определению работать лучше чем внешнее, да еще если производитель экономит на некоторых радиоэлементах и не запаивает их на плату, различные резисторы, конденсаторы, в качестве фильтров, что снижает стоимость платы, но увеличивает вероятность возникновения проблем.