В общем, практически нашел проблему. Дома на столе, всё работает на ура. В машине засада. Показания при измерении контроллером постоянно прыгают. При измерении тестером скачков нет. Чуть улучшить положение удалось заменив штатный провод идущий от кнопок в жгуте, на отдельный провод. Видимо, наводки в жгуте влияют. К сожалению, не использовал витую пару, наверное было бы лучше, но думается, что надо уменьшить входное сопротивление контроллера, или ставить на вход какой-то фильтр.